乌鲁木齐男科医院总建筑面积达1万平方米，包括门诊部、住院部，下设6大诊疗中心：妇科诊疗中心、男科诊疗中心、微创外科诊疗中心、不孕不育诊疗中心、皮肤科诊疗中心、内科诊疗中心。同时开设有：呼吸内科、消化内科、心血管内科、内分泌科、整形外科、肛肠科、儿科、胃肠科、麻醉科、医学检验科、医学影像科、放射科、针灸推拿科等17个临床及功能科室。